Francesco nacque ad Assisi nell'inverno del 1182 da Pietro di Bernardone e Madonna Pica, una delle famiglie più agiate della città.
La cronologia della sua vita è molto imprecisa e gli avvenimenti sono spesso avvolti da un alone leggendario.
Il padre era un ricco mercante di panni e spezie che serbava per la Francia una sincera simpatia.
La nascita di Francesco lo coglie lontano da Assisi, mentre era in Provenza, occupato nella sua professione.
La madre scelse per il piccolo il nome di Giovanni, nome che fu subito cambiato in Francesco quando il padre tornò.
La fanciullezza di Francesco trascorse serenamente in famiglia, potè studiare il latino, il volgare, il provenzale e la musica.
Il padre desiderava avviarlo presto all'attività del commercio.

All'età di vent'anni si trovò a partecipare alla guerra tra Assisi e Perugia, per la difesa della città natale e fu fatto prigioniero.
La prigionia e gli stenti plasmarono l'animo del giovane e più il corpo si indeboliva, più cominciava a subentrare in lui il senso della carità e del bene verso gli altri.
Fu liberato un anno dopo (1202-1203), tornò a casa gravemente malato.

Spinto da idee battagliere arruolatosi nell’esercito pontificio, partì per combattere in Puglia le truppe dell’imperatore, ma giunto a Spoleto, ebbe un'apparizione del Signore, che gli ordinava di tornare indietro.

Fu questo l'inizio di una graduale conversione.
Durante una breve permanenza a Roma si spogliò dei suoi abiti e dei denari, più tardi in Assisi davanti ad un lebbroso non fuggì come facevano tutti, ma gli si avvicinò e lo baciò.
Gli amici lo schernivano e lo deridevano, il padre gli manifestava la sua delusione, solo la madre lo confortava.
Francesco scelse il silenzio e la meditazione tra le campagne e le colline di Assisi.

Faceva spesso tappa nella Chiesetta di San Damiano nei pressi della città. Un giorno il crocifisso della cappellina gli parlò: "Va, ripara la mia casa che cade in rovina".
Francesco allora vendette le stoffe della bottega paterna e portò i denari al sacerdote di San Damiano.
L'ira del padre costrinse Francesco a nascondersi e per comporre la diatriba fu necessario l'intervento del Vescovo di Assisi, davanti al quale Francesco rinunciò a tutti i beni paterni.

Cominciò così un periodo di spostamenti.
E' di quel periodo è l'episodio del lupo di Gubbio, un animale che incuteva terrore tra la popolazione ammansito dalle parole del santo.
Le gesta di Francesco non passarono inosservate e dopo qualche tempo, si affiancarono a lui i primi seguaci: Bernardo da Quintavalle, Pietro Cattani e, poco dopo, Egidio e Filippo Longo.

Le prime esperienze ebbero come teatro la piana di Assisi, il Tugurio di Rivotorto e la Porziuncola.
Tutti i compagni, come Francesco, vestivano di un saio e di stracci.
Nel 1210 il piccolo gruppo si recò a Roma, dove il papa Innocenzo III approvò oralmente la regola dei frati minori.
Il Papa, in sogno, ebbe la visione della Basilica Lateranense in rovina ed un uomo che la sorreggeva per evitarne la distruzione: quell'uomo era Francesco.
L’ideale francescano era del tutto definito sull’esempio evangelico: purezza, distacco dalle cose terrene e materiali, gioia nella pace interiore.
I primi francescani si stabilirono alla Porziuncola e da li cominciarono le loro predicazioni per l’Italia.

Nel 1212 Francesco, con Santa Chiara d’Assisi, gettò le basi di un secondo ordine francescano, nacque così l'"Ordine delle Povere Dame di San Damiano", chiamate Clarisse dopo la morte di Chiara.

Tentò anche di raggiungere i crociati per andare in Siria a convertire i musulmani, ma la nave fu riportata sulla costa da una tempesta.
Nel 1213 Francesco, riprese le sue predicazioni in Umbria, ricevette in dono dal Conte Orlando di Chiusi il Monte della Verna.
Nel 1214, partì per la Spagna per evangelizzare i mori ma per una malattia dovette rientrare in Italia.

Il primo capitolo dei frati minori si tenne nel 1215 alla Porziuncola.
Francesco prese parte al quarto Concilio lateranense, dove ebbe di nuovo l'approvazione papale della sua regola.

Nel 1216 ottiene da Onorio III l'indulgenza della Porziuncola, Il Perdono di Assisi, la più importante della cristianità dopo quella di Terra Santa.

Nel 1219 Francesco partì per Acri e Damietta al seguito della crociata e giunse in Egitto alla corte del sultano Melek el-Kamel (che tentò di convertire), per poi raggiungere la Palestina.
Intanto l'Ordine ebbe i suoi primi martiri, uccisi in Marocco.

Apprese le modificazioni al suo ordine introdotte dai due vicari, nel 1220 rientrò in Italia.
Diede le dimissioni dalla carica di ministro generale nominando Pietro di Catania al suo posto.
Ciò gli permise di riprendere la predicazione e di dedicarsi alla vita eremitica.

I suoi ideali di povertà, di carità, di semplicità avevano fatto presa su molti, inizia così un nuovo ciclo di predicazioni in tutta Italia.
Due anni dopo, a Fontecolombo, nei pressi di Rieti, venne fondato il terzo ordine francescano e promulgata una nuova regola, che fu in seguito ancora revisionata da Francesco su consiglio del cardinale Ugolino de’ Conti e venne approvata da Onorio III nel 1223.
A Greccio, in dicembre, istituisce il Presepio, una tradizione cara alla cristianità.

Nel settembre 1224 sul Monte della Verna, durante un ritiro spirituale, dopo 40 giorni di digiuno e sofferenza affrontati con gioia, ricevette le stigmate, il segno di Cristo e della santità.
Disceso dalla Verna, visibilmente trasformato e dolorante, gravemente malato perse a poco a poco la vista in seguito ad una oftalmia contratta in Oriente.
Venne curato a San Damiano, ospite di Chiara e delle Sorelle.
Nel cuore di una notte insonne, in preda a terribili sofferenze, compose il suo "Cantico di frate Sole", in cui abbraccia amorevolmente coi nomi di fratello e sorella tutte le creature, opera di alta religiosità e lirismo, che contiene tutti gli ideali dell'umiltà e della grandezza francescana (1225).

Sentendo prossima la fine terrena, Francesco si fece portare alla Porziuncola (oggi in Santa Maria degli Angeli), dove morì al tramonto del 3 ottobre 1226.
Il suo corpo riposa ad Assisi nella Basilica a lui dedicata.

Caso unico nella storia della cristianità, Francesco non fu mai ordinato prete ma semplicemente diacono.
Senza serbare sentimenti di rivolta contro la gerarchia ecclesiastica, egli riuscì a rinvigorire il clero secolare e a sviluppare la pietà (devozione a Gesù Bambino) nella grande massa dei fedeli.

Nell'iconografia tradizionale viene sovente rappresentato nell'atto di predicare agli animali o con le stigmate.

Due anni dopo la morte, fu dichiarato Santo il 16 luglio 1228 da papa Gregorio IX.

Nel 1939 Pio XII lo dichiarò patrono d’Italia insieme a Santa Caterina da Siena.
E' anche il patrono di Ecologisti, Animali, Uccelli e Commercianti.

E' festeggiato il 4 ottobre.